Основоположником музейной деятельности является Яков Дмитриевич Брегеда. Яков Дмитриевич родился 1 октября 1939 г. в п. Бурли Карабалыкского района, Костанайской области.
В 1966 году Яков Дмитриевич переезжает в с. Михайловка. В селе его очень удивила и привлекла Михайло-архангельская церковь 1852 года. Яков Дмитриевич начинает выяснять ее историю и историю с. Михайловка.
Уже в 1979-1980 г.г. по инциативе первого секретаря райкома партии Федякина А. В. и директора Михайловского з/совхоза Штольц Ф. Я. специалистами из городов Киева и Ленинграда была произведена внутренняя рестраврация Михайло-Архангельской церкви. С 1980 по 1984 отремонтрированная церковь стояла без присмотра. В 1984 году в отреставрированном здании церкви началась работа по созданию музея на общественных началах. Соглосовав вопрос с директором Михайловского совхоза Штольц Ф. Я. Яков Дмитриевич увольняется из школы и начинает работать над открытием музея в церкви. В начале был просто сбор документационного материала по истории с. Михайловка, церкви.
Решением исполкома Комсомольского районного Совета Народных депутатов за № 356 от 08.12.1986 года узаконено открытие музея на общественных началах.
До 1988 года музей был историко-краеведческим, а 1 марта 1988 года музей в с. Михайловка получает статус этнографического отдела Костанайского областного историко-краеведческого музея.
6 апреля 2004 года решением акима Карабалыкского района Нурмухамбетова Г. Т. музей был перевезен в п. Карабалык, как самостоятельное государственное учреждение. 9 июля 2004 года состоялось торжественное открытие.
26 марта 2021 года постановлением акима Костанайской области Мухамбетова А.Б. Карабалыкский историко-краеведческий музей реорганизован в отдел Костанайского областного историко-краеведческого музея.